Quel que soit le mode de protection mis en place, acquisition, location, convention, une expertise scientifique et un plan de gestion sont réalisés sur les sites par l'équipe scientifique du Conservatoire pour conserver et, au besoin, restaurer les richesses biologiques des milieux.

La gestion d'un site peut se faire :

- soit en partenariat avec des agriculteurs comme, par exemple, à   Ouroux-Sur-Saône, où les prairies sont gérées par des agriculteurs locaux qui appliquent différentes techniques, une fauche centrifuge dite "sympa" ou une fauche tardive et ceci afin de préserver le râle des genets, espèce rare et protégée.

- soit par l'équipe technique du Conservatoire composée de 3 personnes, qui, tout au long de l'année, interviennent sur les sites pour faucher, débroussailler, nettoyer...